As Instâncias Deliberativas do CONGEMAS são:

• Assembléia Geral do Colegiado - instância máxima, composta por todos os seus membros, se reúne ordinariamente uma vez por ano e, extraordinariamente, sempre que for convocada pela Diretoria Executiva Nacional, pela maioria simples da Comissão Nacional de Representantes Estaduais ou por 5% dos membros do Colegiado, distribuídos em, pelo menos, três Estados da Federação;
  
• Comissão Nacional de Representantes Estaduais - composta por três representantes de cada Estado Federado (indicados pelos respectivos Colegiados Estaduais) e pela Diretoria Executiva do Congemas;
  
• Diretoria Executiva Nacional - composta por presidente, vice-presidente, 1° secretário, 2° secretário, diretor financeiro, cinco vice-presidentes regionais com seus respectivos suplentes, sendo um de cada região administrativa do país, com funções específicas de câmaras técnicas;
  
• Conselho Fiscal - composto por 3 membros efetivos e três suplentes, eleitos pela Assembléia Geral para um mandato de 2 anos, permitida recondução por igual período. O cargo de conselheiro fiscal é privativo de Secretário Municipal ou seu equivalente